Epidemiologia Aplicada ao Serviço de Saúde: Esta Linha inclui estudos epidemiológicos desenvolvidos nos cenários dos serviços de saúde. Estes estudos pretendem apontar a importância da epidemiologia e sua relação para o planejamento, diagnóstico, vigilância, organização e avaliação das práticas de saúde. Esta linha de pesquisa tem contribuído com o desenvolvimento de estratégias e tecnologias sociais que garantam a qualidade e melhoria dos serviços de saúde numa perspectiva ética.

Políticas Públicas, Planejamento, Gestão e Avaliação em Saúde: Esta linha inclui estudos desenvolvidos nos cenários dos serviços de saúde voltados para a melhor compreensão das diretrizes de políticas públicas de diferentes esferas de governo. Em função da própria organização dos serviços de saúde, o foco está na Atenção Primária e nos outros níveis que compõem a rede de cuidado a partir de políticas públicas. Esta linha de pesquisa tem tornado os alunos /profissionais capazes de avaliarem modelos de gestão pública para o planejamento e programação, tecnologias de processo na gestão de saúde e sua aplicabilidade no contexto dos serviços, desenvolvimento de instrumentos de avaliação da atenção sobretudo motivados pela necessidade da utilização de tecnologias resolutivas, com universalidade e equidade.