O Programa de Pós-Graduação em Odontologia iniciou suas atividades em 1978. Ao longo desses anos tem enfrentado os desafios da formação de recursos humanos de qualidade e, nos anos 1990, passou por uma total reestruturação. Este processo foi norteado pelos seguintes princípios básicos: flexibilização curricular, integração entre as áreas de conhecimento, racionalização dos encargos didáticos. Adicionalmente, uma nova filosofia se estabeleceu, voltada para a formação profissional e acadêmica qualificada de professores e pesquisadores, mediante processo de aprofundamento do conhecimento, tendo como núcleo de ensino o desenvolvimento da pesquisa, de modo a capacitar pessoal, compreender e interpretar criticamente a leitura pertinente e vivenciar concretamente, as situações apresentadas pela sociedade em cada área de conhecimento. Para alcançar este perfil, uma nova metodologia de ensino foi delineada, voltando-se para o ensino participativo e problematizador.

Atualmente o Programa de Pós-Graduação em Odontologia possui os níveis de mestrado acadêmico e doutorado em sete áreas de concentração: Clínica Odontológica, Endodontia, Estomatologia, Odontopediatria, Patologia Bucal, Periodontia e Saúde Coletiva. Recebeu conceito de excelência internacional (Nota 7) pela CAPES, agência governamental vinculada ao Ministério de Educação.

Em 2014 teve início o Mestrado Profissional de Odontologia em Saúde Pública, que na última avaliação da CAPES recebeu nota 5, a nota mais alta para um curso de Mestrado.