El Programa de Posgrado en Odontología comenzó sus actividades en 1979.  A lo largo de estos años ha enfrentado los desafíos de la formación de recursos humanos de calidad y en la década de 1990 pasó por una total reestructuración. Este proceso se orientó por los siguientes principios básicos: flexibilización curricular, integración entre las áreas de conocimiento, racionalización de las cargas didácticas. Adicionalmente se estableció una nueva filosofía enfocada en la formación profesional y académica calificada de profesores e investigadores, mediante procesos de profundización del conocimiento, que tienen como núcleo de enseñanza el desarrollo de la investigación, a fin de capacitar personal, comprender e interpretar críticamente las lecturas pertinentes y vivenciar concretamente las situaciones presentadas por la sociedad en cada área del conocimiento. Para alcanzar este perfil, una nueva metodología de enseñanza se delineó, concentrada en la enseñanza participativa y problematizadora.

Actualmente el Programa de Posgrado en Odontología posee los niveles de Maestría académica y Doctorado en siete áreas de concentración: Clínica Odontológica, Endodoncia, Estomatología, Odontopediatría, Patología Bucal, Periodoncia y Salud Colectiva. Recibió el concepto de excelencia internacional (Nota 7) de la CAPES, agencia gubernamental vinculada al Ministerio de Educación.