O Curso de Mestrado em Odontologia é destinado primordialmente à formação de docentes e à introdução à pesquisa. Sua estrutura didática está estabelecida dentro de uma concepção pedagógica de ensino independente, tutorial, em processo ativo, participativo e motivacional, de forma a desenvolver no aluno uma tensão em torno do objeto de estudo. Para o nível de Mestrado, o aluno deverá cumprir 35 créditos (525 horas) no Curso, sendo 16 em disciplinas obrigatórias e 19 em disciplinas optativas.